Aqui por exemplo, transformei uma imagem 500 x 500 num ícone 500 x 500, e selecionei o preto pra ficar transparente.
É normal pensar que o programa falhou pra aplicar a transparência.
É que vemos tudo preto, mas na verdade tem tonalidades diferentes, que acabam sendo cores diferentes.
A opção de uma coisa desse tipo seria primeiro editar manualmente e deixar o fundo com uma única cor.
Mas em outros casos funciona normalmente.